대한전립선학회의 필요성이 대두된 것은 1995년부터였다. 이전에도 전립선학회의 필요성은 모두 인정하였으나 적극적인 참여를 유도하기에는 여론의 결집이 잘 되지 않았다. 1995년 10월 대한비뇨기과학회 추계학술대회 (서울 잠실롯데월드호텔)에서 좀 더 구체적으로 전립선학회의 필요성이 대두되어 정문기, 노충희, 문우철, 심봉석 교수가 모여 서로 의견을 교환하고 학회의 결성을 추진하기로 하였다.
1996년 11월 8일 서울 신라호텔 중식당에서 노충희, 이상은, 정문기, 심봉석, 문우철 교수가 만나 전립선을 전문적으로 연구하는 학회가 필요하다는 데 의견을 모은 후, 1996년 11월 14~16일 개최된 대한비뇨기과학회 추계학술대회 (서울 잠실롯데호텔)에서 많은 사람들을 대상으로 대한전립선학회 창설에 대하여 의견을 나누고 여론을 수렴하였다.
1996년 12월 6일 부산 동아대학교병원에서 개최된 학술행사장(요로결석 심포지엄)에서 좀 더 구체적으로 대한전립선학회 창설이 공식 거론되었으며 1996년 12월 17일 서울 일식당 ‘어촌’에서 노충희, 이상은, 정문기, 심봉석, 조용현, 문우철 교수가 모여 대한전립선학회 초대 회장에 이성준 교수를 추대하기로 합의하고 총무에 노충희 교수를 선임하여 발기인 대회 준비 작업에 돌입하게 되었다.
드디어 1997년 1월 17일 오후 6시 30분 서울 신라호텔 마로니에룸에서 이성준 회장을 비롯한 37명이 대한전립선학회의 창립을 선포하고 초대 임원진을 구성하였다. 고문에는 김영균, 문효중 교수를 추대하였으며 학회 사무실은 인제의대 상계백병원 비뇨기과학교실 내에 두기로 하였다.
창립 총회 후 회원 모집에 힘을 쏟아 1997년 4월까지 불과 3개월여 사이에 총 358명의 회원이 가입하여 학회로서의 면모를 갖추게 되었다. 이는 대한전립선학회의 필요성에 대하여 대다수의 비뇨기과 의사들이 동감을 하고 있었기 때문이며 대한전립선학회의 밝은 앞날을 예견하는 것이었다.
학회 창립 후 4개월여의 준비 끝에 1997년 5월 31일 오후 12시부터 저녁 9시까지 서울 힐튼호텔 그랜드볼룸에서 400여 명이 참석한 가운데 첫 번째 대한전립선학회 학술대회가 성황리에 개최되었다. 이 자리에서는 전립선암, 전립선비대증 및 전립선염에 관한 기초 및 임상 일반연제 발표와 함께 일본 The University of Tokyo, Moriyama Nobuo 교수의 ‘Recent aspects of alpha-1 adrenoceptor in human prostate’ 특강이 있었다. 특히 학술대회 프로그램의 일환으로 ‘전립선비대증의 약물요법’에 대한 봉직의와 개원의의 합동심포지엄이 열렸다. 심포지엄 1부에서는 이성준 회장을 좌장으로 문우철, 홍성준, 정병하, 조용현, 정문기 회원 등이 테라조신 등 여러 가지 약물에 대한 약리학을 발표하였으며, 2부에서는 박용상 원장을 좌장으로 의료보험의 제반 문제점에 대하여 김석출 원장과 의료보험연합회의 박용화 심사위원이 발표하였다. 이러한 주제를 가지고 이성준, 문우철 회원을 좌장으로 발표자들이 토론을 하는 3부가 진행되었으며 봉직의와 개원의 모두에게 유익한 시간이 되었다.
1997년 11월 30일 연세의대 동문회관에서 제2회 추계학술대회가 개최되었다. 추계학술대회는 일반연제 발표 없이 연수교육과 심포지엄으로 구성되었는데 ‘전립선과 성기능장애’, ‘난치성 전립선통의 치료’, ‘한국인의 PSA치’, ‘경직장초음파술’ 등 다양한 특강과 Minimal Invasive Treatment에 대한 심포지엄으로 홍콩의 Wong 교수와 김동선, 최학룡, 최낙규 회원 등이 참가하여 열띤 토론의 장을 열었다. 특기할만한 것은 전공의를 위한 ‘Self-Assessment Program for Urology in Training’으로 전립선암에 대한 Q&A Session이 마련되어 전립선암에 관한 다양한 의문점을 정리할 수 있는 기회가 마련되었다는 점이다. 문우철 학술이사의 진행으로 총 43문제를 다루었으며 류수방, 설종구, 김법완, 정문기 회원이 패널리스트로 참석하였다. Q&A Session은 전공의들, 특히 전문의 시험을 앞둔 4년차 전공의들이 많은 관심을 갖고 참석하였으며 뜨거운 호응을 보여주었다. 이 순서를 통하여 정리된 ‘전립선암 Q&A’를 소책자 형식으로 발간하여 전공의 및 관심이 있는 회원들에게 배포하였다. 이때 시작된 전립선질환에 대한 Q&A 자료들은 계속 추가되어 2001년 ‘전립선 QA’라는 단행본으로 발간되었다. 회원들의 증가에 따라 임원진도 늘어나게 되어 김민의, 홍성주, 이무연 회원이 새로 이사진에 합류하였다.
1998년 4월 25일 제3회 춘계학술대회가 부산 해운대그랜드호텔에서 개최되었다. 당시 학술대회에서는 강의 진행은 별도로 없었으며, 18편의 일반연제가 포스터로 발표되었다.
1998년 10월 24일 제4회 추계학술대회가 강남성모병원 의과학연구원 2층 대강당에서 열렸다. 14편의 일반연제에 대한 발표 및 토론이 있었으며 Matsumoto 교수의 ‘Modern Treatment of Prostatitis’와 Chiang 교수의 ‘Therapeutic Effect of TUNA in Non-Bacterial Prostatitis’에 대한 특강이 있었다. 전년에 이어 문우철, 김영수, 박종윤, 김민의 회원을 패널리스트로 전공의를 위한 전립선 Q&A 시간이 있었는데 전공의들의 높은 호응이 있었다. 또 쉐링프라우코리아가 협찬하는 우수연제상 시상식이 있었는데 ‘한 국인 남성에 있어서 연령에 따른 혈청 전립선특이항원치의 분포’라는 논문으로 김대영 회원이 수상하였다.
1999년 5월 15일 제5회 춘계학술대회가 무주리조트 티롤호텔에서 개최되었다. 연제발표 없이 이성준 회장을 좌장으로 문우철 회원의 ‘전립선비대증의 발생기전’, 이강현 회원의 ‘전립선과 식이요법’, 이상은 회원의 ‘한국인 남성에서 연령, 전립선특이항원 및 전립선 용적의 상관관계’의 특강이 진행되었다.